评估机构的收费方式因机构、评估项目类型及地区差异而有所不同，但通常遵循一定的标准和原则。

评估机构收费的主要方式包括按资产价值比例收费、固定费用、时间费用以及综合收费等几种形式。其中，按资产价值比例收费是最常见的方式之一。具体来说，评估机构会根据被评估资产的总价值，按照事先设定的比例来计算收费金额。例如，对于房产评估，如果房产总值在100万元以内，可能会按照0.42%的比例收费；若房产价值在100万至500万元之间，则可能采用累进制计费，最终累积计收率可能为0.3%；而当房产价值超过500万元时，随着价值区间的提升，收费比例会逐渐降低。

此外，固定费用是另一种常见的收费方式。这种方式下，评估机构会根据评估项目的复杂程度、所需时间和资源等因素，事先确定一个固定的收费金额。这种收费方式对于较为简单、标准化的评估项目尤为适用，因为它能够为客户提供一个相对明确、透明的费用预期。

时间费用则是针对那些需要较长时间或额外人力资源的评估项目而设定的。评估机构可能会根据评估师实际投入的工作小时数或项目所需的总时间来计算费用。这种方式相对灵活，但可能要求客户在预算上保持一定的弹性。

最后，综合收费方式结合了上述多种收费模式的优点，以满足不同客户的具体需求和项目特点。评估机构可能会根据评估项目的实际情况，制定一个包含固定费用、按比例收费以及时间费用在内的综合收费方案。这种方式旨在为客户提供更加全面、灵活的收费选择，同时也能够确保评估机构在提供高质量服务的同时获得合理的报酬。

综上所述，评估机构的收费方式多种多样，客户在选择评估机构时，应根据自身需求和项目特点，充分了解并比较不同机构的收费方式和标准，以确保评估过程的顺利进行和评估结果的客观准确。